Dans le cadre de partenariat avec l’IRD et avec le Cirad, la Fpae a accueilli en poste des chercheurs dans une dynamique de projets communs. Ainsi, Fred Eboko, chercheur à l’IRD a été affecté à la Fpae de 2005 à 2008 et Philippe Karpe, chercheur au Cirad, l’a été également de 2011 à 2015.
La Fpae reste ouverte pour renouveler ces expériences.